В геноме SARS-CoV-2 многократно возникали независимые мутации, которые свидетельствуют, что он продолжает приспосабливаться к жизни в организме человека.
Ученые из Великобритании проанализировали тысячи геномных последовательностей нового коронавируса и выявили у SARS-CoV-2 ряд мутаций, которые появляются в разных линиях вируса независимо, что свидетельствует о его продолжающейся адаптации к человеку. Результаты исследований опубликованы в журнале Infection, Genetics and Evolution.
Первая полная последовательность генома нового коронавируса была представлена в январе этого года. С тех пор учеными разных стран были секвенированы около 11 000 полных геномов SARS-CoV-2. Эти данные позволяют понять историю распространения вируса, отследить изменения в его структуре, помогают разрабатывать вакцины и лекарства.
Биологи из Университетского колледжа Лондона представили в новой работе результаты анализа 7 666 различных сборок генома SARS-CoV-2. Это беспрецедентное по географическому и временному охвату исследование эволюции вируса, вызвавшего пандемию COVID-19.
Исследователи подтвердили, что у всех вариантов вируса был один общий предок, который в 2019 году впервые инфицировал человека. Это однозначно произошло не ранее 6 октября и не позднее 11 декабря 2019 года. Авторы полностью исключают вероятность того, что SARS-CoV-2 был в обращении среди людей до этого.
Но с тех пор в мире появилось множество разнообразных штаммов нового коронавируса, и не всегда эти штаммы имеют географическую привязку. Например, в одной только Великобритании, где проводилось исследование, разнообразие штаммов оказалось почти такое же широкое, как во всем мире. Авторы связывают это с тем, что вирус туда завозили неоднократно.
Анализ разнообразия геномов SARS-CoV-2 выявил 198 мутаций, которые независимо возникали в геноме несколько раз в разных линиях вируса — такое явление называется гомоплазией — и вызывали так называемые несинонимичные изменения на уровне белков. Это говорит о том, что коронавирус, зародившийся в организме животных, продолжает приспосабливаться к жизни в человеческом организме, считают ученые.
Но есть в геноме и консервативные участки, в которых мутации возникают крайне редко. По мнению авторов, именно на эти области стоит обратить внимание при разработке вакцин и лекарств, так как в этом случае меньше вероятность, что вирус сможет уклониться от действия препарата в результате последующих мутаций.
Исследователи сравнили полученные результаты для SARS-CoV-2 с данными по близкородственным вирусам SARS-CoV-1 и MERS-CoV, в геномных последовательностях которых также фиксировались факты гомоплазии. Всего в сравнительном анализе участвовали 15 сборок для SARS-CoV-1 и 255 сборок для MERS-CoV. Ученые обнаружили шесть гомоплазий для SARS-CoV-1 и 350 гомоплазий для MERS-CoV, что свидетельствует о том, что эти два коронавируса также прошли путь адаптации к человеку.
Авторы разработали новое интерактивное онлайн-приложение с открытым исходным кодом, чтобы исследователи по всему миру могли анализировать геномы вируса и применять аналогичные подходы для изучения его эволюции.
Напомним, ранее французские микробиологи пришли к выводу, что коронавирус у первых заболевших во Франции не является «потомком» коронавируса из китайского Уханя.
